Die letzte Datei, die Du hochgeladen hast, ist das Monstrum.
Dort ist das Problem, dass Du eine zyklische Abhängigkeit hast. Und genau damit kann eben bei jeder Neuberechnung etwas anderes passieren.

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Der Abhängigkeitsgraph zeigt auch noch ein anderes Problem: Du hast Deine Sketche immer an Flächen des vorigen Features angeheftet. Leider ist die Nummerierung dieser Flächen eher zufällig und hängt von den davorliegenden Schritten ab. Wenn Du also nachträglich etwas an einem davor liegenden Feature änderst, dann kann sich auch die Nummerierung und damit die Zuordnung der weiteren Sketche ändern.
Dann kommt es zu dem merkwürdigen Springen der Taschen etc.
Fusion360 hat dieses Problem wohl weniger; in FreeCAD kann man Modelle robuster gestalten, wenn man Sketche niemals an Flächen sondern immer nur an Hauptebenen oder an Sketche anheftet; oder an DatumPlanes, die wiederum diesen Regeln folgen.
Wenn Du mit FreeCAD weitermachen willst, würde ich mich Deines Modells noch mal annehmen (das darf gerne auch jemand anders machen

). Wenn Du eh wechseln möchtest, kann ich das gut verstehen, möchte dann aber natürlich keine Zeit dafür aufwenden.